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NIAID Influenza Genome Sequencing Project Data Releasing Status
Status Complete set Virus Species Sample provider Country Subtype Host From year To year
Sample provider All subtypes Subtype breakdowns
H3N2 H1N1 H1N2 Other
Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All
Adelaide (NIGSP-AA)
46
2000-2005
5
2000-2005
51
29
2000-2005
2
2000-2005
31
17
2000-2005
3
2000-2000
20
0
0
0
0
0
0
Argentina (NIGSP-ARG)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Australia (NIGSP_RB)
0
69
2002-2002
69
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
69
2002-2002
69
Australian Animal Health Laboratory (NIGSP-AHL)
30
2004-2005
2
2004-2004
32
0
0
0
0
0
0
0
0
0
30
2004-2005
2
2004-2004
32
BCM (NIGSP-NIH)
4
1994-2007
3
1995-2007
7
2
1997-2007
1
1995-1995
3
0
2
2006-2007
2
0
0
0
2
1994-2004
0
2
Baylor (NIGSP-TM)
48
1997-2005
0
48
0
0
0
0
0
0
0
0
0
48
1997-2005
0
48
Baylor_WKS (NIGSP_WKS)
49
2009-2009
0
49
0
0
0
49
2009-2009
0
49
0
0
0
0
0
0
Berkeley (NIGSP-EH)
78 + 1
2007-2008
45
2007-2008
124
36
2007-2007
2
2007-2007
38
37
2008-2008
36
2008-2008
73
0
0
0
5 + 1
2008-2008
7
2007-2008
13
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOA)
59 + 3
2011-2012
23
2011-2012
85
46
2011-2012
11
2011-2011
57
11 + 2
2011-2012
8
2011-2011
21
0
0
0
2 + 1
2011-2012
4
2011-2012
7
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOB)
1 + 2
2011-2011
0
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1 + 2
2011-2011
0
3
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOS)
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
0
0
0
Boston (NIGSP-FB)
55
2007-2008
42
2007-2008
97
48
2007-2008
19
2008-2008
67
7
2007-2008
17
2007-2008
24
0
0
0
0
6
2008-2008
6
Boston_FBS (NIGSP_FBS)
130
2009-2009
1
2009-2009
131
7
2009-2009
1
2009-2009
8
123
2009-2009
0
123
0
0
0
0
0
0
Brazil pdm (NIGSP_AVS)
7
2009-2011
6
2009-2011
13
0
0
0
7
2009-2011
6
2009-2011
13
0
0
0
0
0
0
Brazil seasonal (NIGSP_AV)
0
18
2009-2009
18
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
18
2009-2009
18
CBER, FDA (NIGSP_GN)
26
1986-2004
0
26
0
0
0
25
1986-2004
0
25
0
0
0
1
2002-2002
0
1
CDC (NIGSP-CDC)
100
1987-2006
1
1999-1999
101
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
1987-2006
1
1999-1999
101
CDPH (NIGSP_CAS)
122
2009-2010
0
122
0
0
0
122
2009-2010
0
122
0
0
0
0
0
0
CDPH_CA (NIGSP_CA)
244
2009-2009
1
2009-2009
245
145
2009-2009
0
145
95
2009-2009
0
95
0
0
0
4
2009-2009
1
2009-2009
5
CDPH_CAH1 (NIGSP_CAH1)
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
CEIRS H2 project (NIGSP_CEIRS_CIP047_H2EU)
51
1999-2010
0
51
0
0
0
0
0
0
0
0
0
51
1999-2010
0
51
CEIRS_OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH)
130 + 1
2008-2010
0
131
9
2008-2009
0
9
8
2009-2010
0
8
3
2008-2009
0
3
110 + 1
2008-2010
0
111
CIDM flu B (NIGSP_DDB)
11 + 1
2010-2010
0
12
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11 + 1
2010-2010
0
12
CIDM pdm (NIGSP_DD3)
58
2009-2011
1
2010-2010
59
0
0
0
56
2009-2011
0
56
0
0
0
2
2010-2010
1
2010-2010
3
CIDM seasonal (NIGSP_DD2)
2
2010-2010
0
2
2
2010-2010
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CLEVB (NIGSP_CAI)
0
45
2008-2011
45
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
45
2008-2011
45
CSIRO (NIGSP-DB)
84 + 1
1972-2007
20
1978-2007
105
2
2004-2004
0
2
4
1980-2005
1
2005-2005
5
2
2004-2004
0
2
76 + 1
1972-2007
19
1978-2007
96
Chang Gung (NIGSP-SS)
52 + 1
1999-2008
58
2001-2008
111
8
2004-2008
3
2005-2006
11
9
1999-2008
4
2005-2007
13
0
0
0
35 + 1
2001-2007
51
2001-2008
87
Chile (NIGSP_CEIRS_CIP056_CHS)
73
2009-2010
0
73
0
0
0
73
2009-2010
0
73
0
0
0
0
0
0
Egypt (NIGSP-EGY)
6
2004-2008
14
2005-2008
20
0
0
0
0
0
0
0
0
0
6
2004-2008
14
2005-2008
20
Erasmus (NIGSP-CEIRS-CIP047-RF)
49
2000-2007
1
2003-2003
50
1
2007-2007
0
1
0
0
0
0
0
0
48
2000-2007
1
2003-2003
49
Erasmus (NIGSP[-_]CEIRS[-_]C[IL][PA]055[-_]AK)
232 + 21
2006-2009
25
2006-2008
278
2
2006-2006
0
2
9
2007-2008
2
2007-2007
11
0
0
0
221 + 21
2006-2009
23
2006-2008
265
Erasmus H1N1pdm (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFS)
25
2009-2010
0
25
0
0
0
25
2009-2010
0
25
0
0
0
0
0
0
Erasmus H3N2 (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFH3)
282
1968-2011
4
1986-2009
286
280
1968-2011
4
1986-2009
284
0
0
0
0
0
0
2
1982-1984
0
2
HKU (NIGSP-HKU)
72
2004-2005
7
2004-2005
79
72
2004-2005
7
2004-2005
79
0
0
0
0
0
0
0
0
0
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPA)
100
2009-2009
0
100
98
2009-2009
0
98
1
2009-2009
0
1
0
0
0
1
2009-2009
0
1
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPS)
115 + 1
2009-2009
0
116
0
0
0
115 + 1
2009-2009
0
116
0
0
0
0
0
0
Hong Kong (NIGSP-HK)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Innovative Biotech (NIGSP-IB)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Italy (NIGSP-IT)
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
0
0
0
0
0
0
0
0
0
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
Long Island (NIGSP-NYScg)
97
1998-2005
2
2002-2005
99
74
1998-2005
0
74
15
2001-2003
1
2002-2002
16
8
2002-2003
0
8
0
1
2005-2005
1
Lovelace Respiratory Research Institute (NIGSP-NM)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
MIT (NIGSP_CEIRS_CIP055_AK2)
4
2010-2010
538
2009-2010
542
0
0
0
0
0
0
0
0
0
4
2010-2010
538
2009-2010
542
Malaysia A (NIGSP_MALA)
199 + 6
1995-2009
0
205
109 + 2
1995-2009
0
111
74 + 2
1995-2009
0
76
0
0
0
16 + 2
1997-2009
0
18
Malaysia B (NIGSP_MALB)
77 + 1
1995-2008
4
1995-2008
82
0
0
0
0
0
0
0
0
0
77 + 1
1995-2008
4
1995-2008
82
Medical College of Wisconsin (NIGSP[-_]MCW)
344
2009-2009
0
344
0
0
0
344
2009-2009
0
344
0
0
0
0
0
0
Medical College of Wisconsin_MCWS (NIGSP_MCWS)
0
1
2009-2009
1
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico (NIGSP-MX)
2
2003-2003
37
1999-2004
39
2
2003-2003
37
1999-2004
39
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico, Pandemic 2009 (NIGSP[-_]MXS)
25 + 1
2009-2009
0
26
0
0
0
25 + 1
2009-2009
0
26
0
0
0
0
0
0
Mount Sinai (NIGSP-PA)
11
1942-2004
1
2003-2003
12
4
2001-2004
0
4
7
1942-2004
1
2003-2003
8
0
0
0
0
0
0
NHRCC (NIGSP_NHRCC)
11
2009-2009
0
11
0
0
0
11
2009-2009
0
11
0
0
0
0
0
0
NIAID (NIGSP-BK)
12
1931-1976
1
1968-1968
13
4
1968-1973
1
1968-1968
5
8
1931-1976
0
8
0
0
0
0
0
0
NIAID (NIGSP_JY2)
0
45
1931-1999
45
0
4
1968-1973
4
0
41
1931-1999
41
0
0
0
0
0
0
NIAID H1N1 (NIGSP_JYA)
30
1934-1934
0
30
0
0
0
30
1934-1934
0
30
0
0
0
0
0
0
NIGSP-DW
211
1982-2006
28
1966-2006
239
0
0
0
6
2005-2006
7
2005-2005
13
0
0
0
205
1982-2006
21
1966-2006
226
NIGSP-NIAID (NIGSP-JY)
9 + 1
1934-1934
6
1934-1934
16
0
0
0
9 + 1
1934-1934
6
1934-1934
16
0
0
0
0
0
0
NIGSP_NHRCA
110 + 1
1999-2011
0
111
110 + 1
1999-2011
0
111
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NIGSP_NHRCB
36 + 1
2000-2006
0
37
0
0
0
0
0
0
0
0
0
36 + 1
2000-2006
0
37
NIHE, Vietnam (NIGSP_VIE)
239 + 1
2001-2008
2
2008-2008
242
144
2001-2008
1
2008-2008
145
94 + 1
2001-2008
1
2008-2008
96
0
0
0
1
2008-2008
0
1
NYMC (NIGSP-NY)
51 + 1
1933-2007
44
1934-2007
96
21
1968-2007
33
1968-2007
54
14 + 1
1933-2006
3
1934-1995
18
1
1957-1957
0
1
15
1957-2006
8
1940-2006
23
NYMC flu A (NIGSP_BUCA)
109 + 1
1934-2011
0
110
78
1934-2010
0
78
24
1934-2011
0
24
2
1957-1957
0
2
5 + 1
1934-2009
0
6
NYMC flu B (NIGSP_BUCB)
42
1940-2010
0
42
0
0
0
0
0
0
0
0
0
42
1940-2010
0
42
NYSDOH (NIGSP-NYS)
693 + 1
1993-2005
4
2003-2004
698
612 + 1
1993-2005
3
2003-2004
616
66
1995-2003
0
66
14
2002-2003
1
2003-2003
15
1
1999-1999
0
1
NYSDOH-WA (NIGSP-WA)
48
1948-1979
1
1957-1957
49
19
1968-1978
0
19
8
1948-1979
0
8
0
0
0
21
1957-1968
1
1957-1957
22
NYSDOH-WP (NIGSP-WP)
42
2004-2006
1
2004-2004
43
42
2004-2006
1
2004-2004
43
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NYSDOH-WP (NIGSP_AGA)
75
2010-2011
0
75
75
2010-2011
0
75
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Naval Health Research Center (NIGSP_NHRCS)
50
2009-2011
0
50
0
0
0
50
2009-2011
0
50
0
0
0
0
0
0
New Zealand (NIGSP-NZ)
592
1999-2005
26
2000-2005
618
444
1999-2005
18
2000-2005
462
147
2000-2005
8
2000-2001
155
0
0
0
1
2000-2000
0
1
OSU (NIGSP-OH)
190
1986-2006
85
1986-2007
275
13
1986-2005
3
2005-2006
16
10
1987-2005
0
10
0
0
0
167
1986-2006
82
1986-2007
249
OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH2)
0
219
2008-2011
219
0
13
2010-2011
13
0
13
2010-2011
13
0
2
2011-2011
2
0
191
2008-2011
191
OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH3)
0
177
2009-2011
177
0
100
2009-2011
100
0
0
0
0
62
2009-2011
62
0
15
2011-2011
15
OSU, archived (NIGSP-OHC)
43
1986-2007
0
43
0
0
0
0
0
0
0
0
0
43
1986-2007
0
43
OUCRU, Vietnam (NIGSP_VDS)
0
61
2009-2009
61
0
0
0
0
61
2009-2009
61
0
0
0
0
0
0
Perth (NIGSP-AP)
79
2000-2005
0
79
73
2000-2005
0
73
6
2001-2005
0
6
0
0
0
0
0
0
Pittsburgh (NIGSP-PIT)
18
2008-2008
57
2008-2008
75
15
2008-2008
3
2008-2008
18
0
0
0
0
0
0
3
2008-2008
54
2008-2008
57
Prince of Wales Hospital (NIGSP-AS)
28
1999-2000
0
28
24
1999-2000
0
24
4
1999-2000
0
4
0
0
0
0
0
0
Queensland (NIGSP-AB)
56
2000-2005
0
56
56
2000-2005
0
56
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDI (NIGSP-SDI)
518 + 5
2002-2008
97
2006-2008
620
157
2002-2008
18
2007-2008
175
313
2006-2008
48
2007-2008
361
1
2003-2003
0
1
47 + 5
2006-2007
31
2006-2008
83
SDIA (NIGSP_SDIA)
8
2009-2009
0
8
8
2009-2009
0
8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDIS (NIGSP_SDIS)
58
2009-2009
0
58
0
0
0
58
2009-2009
0
58
0
0
0
0
0
0
SJ H2 collection (NIGSP_CEIRS_SJC001_H2SJ)
100 + 1
1976-2009
2
1978-1994
103
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100 + 1
1976-2009
2
1978-1994
103
SJ-CEIRS (NIGSP-CEIRS-SJC001-SJC)
25
2006-2007
0
25
0
0
0
5
2006-2006
0
5
0
0
0
20
2006-2007
0
20
Saskatchewan (NIGSP-FL)
68 + 2
2005-2007
127
2005-2007
197
14
2005-2007
5
2006-2006
19
1
2005-2005
2
2005-2006
3
0
0
0
53 + 2
2005-2007
120
2005-2007
175
St Jude (NIGSP-SJ)
420
1933-2007
45
1957-2006
465
97
1968-2003
7
1973-1990
104
221
1933-2003
21
1968-1988
242
0
0
0
102
1956-2007
17
1957-2006
119
St Jude (NIGSP_CEIRS_CIP045_H2MS)
0
13
1957-1968
13
0
0
0
0
1
1957-1957
1
0
0
0
0
12
1957-1968
12
St. Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_JBC)
285 + 2
1986-2009
418
1986-2010
705
23
1994-2008
0
23
2
1994-1998
10
1996-2009
12
0
11
1987-1994
11
260 + 2
1986-2009
397
1986-2010
659
St. Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_WEB)
0
20
1927-2006
20
0
0
0
0
2
1976-1976
2
0
0
0
0
18
1927-2006
18
The Methodist Hospital (NIGSP_JMS)
182
2009-2010
0
182
0
0
0
182
2009-2010
0
182
0
0
0
0
0
0
UC Berkeley (NIGSP_AGS)
136
2009-2010
0
136
0
0
0
136
2009-2010
0
136
0
0
0
0
0
0
UC Berkeley_AGB (NIGSP_AGB)
54 + 2
2008-2010
6
2008-2011
62
0
0
0
0
0
0
0
0
0
54 + 2
2008-2010
6
2008-2011
62
UC Davis (NIGSP[-_]CC)
21
2005-2007
2
2006-2006
23
0
0
0
0
0
0
0
0
0
21
2005-2007
2
2006-2006
23
UC Davis (NIGSP_CEIRS_CIP032_WBC)
175 + 3
2007-2011
74
2010-2012
252
0
0
0
6
2008-2010
0
6
1
2008-2008
0
1
168 + 3
2007-2011
74
2010-2012
245
UGA (NIGSP_CEIRS_UMN023_BAY)
0
302
1987-2009
302
0
10
2004-2008
10
0
13
2009-2009
13
0
0
0
0
279
1987-2009
279
UGA (NIGSP_CEIRS_UMN023_DUCK)
0
188
1986-2010
188
0
5
1999-2009
5
0
7
2008-2010
7
0
0
0
0
176
1986-2010
176
UMN026 (NIGSP_CEIRS_UMN026_MG)
36
2002-2010
0
36
9
2005-2009
0
9
21
2002-2010
0
21
3
2004-2008
0
3
3
2003-2008
0
3
USAF (NIGSP-AFO)
8
2007-2008
2
2008-2008
10
4
2007-2008
1
2008-2008
5
4
2007-2008
1
2008-2008
5
0
0
0
0
0
0
USGS (NIGSP-HI)
100
2005-2007
17
2007-2007
117
1
2006-2006
0
1
3
2007-2007
0
3
3
2007-2007
1
2007-2007
4
93
2005-2007
16
2007-2007
109
USGS (NIGSP_CEIRS_UMN030_JHC)
53 + 2
2007-2009
112
2007-2009
167
0
2
2007-2007
2
0
4
2007-2007
4
0
0
0
53 + 2
2007-2009
106
2007-2009
161
USGS (NIGSP_CEIRS_UMN030_JHC2)
0
194
2010-2010
194
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
194
2010-2010
194
Universidad Autonoma de San Luis Potosi, Mexico (NIGSP_DC)
0
63
2008-2009
63
0
9
2008-2009
9
0
47
2008-2009
47
0
0
0
0
7
2009-2009
7
University of Georgia (NIGSP_CEIRS_UMN023_MCE)
102 + 2
2007-2007
3
2007-2007
107
0
0
0
2 + 1
2007-2007
0
3
0
0
0
100 + 1
2007-2007
3
2007-2007
104
University of Minnesota (NIGSP_INS)
450 + 13
2009-2010
104
2009-2011
567
0
0
0
449 + 8
2009-2010
104
2009-2011
561
0
0
0
1 + 5
2009-2010
0
6
University of Ottawa (NIGSP[-_]EB)
92
1931-1982
0
92
56
1968-1982
0
56
10
1931-1947
0
10
0
0
0
26
1956-1979
0
26
University of Saskatchewan (NIGSP_SD)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
University of Siena (NIGSP-IU)
15
1987-2003
16
1988-2006
31
11
1988-2003
5
1988-2004
16
4
1987-1995
5
2001-2006
9
0
0
0
0
6
1993-2006
6
Wadsworth-DW09 (NIGSP[-_]DW09)
76
2009-2009
2
2009-2009
78
65
2009-2009
0
65
8
2009-2009
2
2009-2009
10
0
0
0
3
2009-2009
0
3
Wadsworth-SW (NIGSP[-_]SW)
247 + 2
1976-2009
7
2009-2009
256
0
0
0
247
1976-2009
7
2009-2009
254
0
0
0
0 + 2
2009-2009
0
2
Wadsworth_SG (NIGSP_SG)
3
2009-2010
1
2009-2009
4
3
2009-2010
0
3
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
Wadsworth_SGS (NIGSP_SGS)
133
2009-2010
0
133
0
0
0
133
2009-2010
0
133
0
0
0
0
0
0
Yuctan (NIGSP_YUCA)
0
95
2009-2010
95
0
91
2009-2010
91
0
4
2009-2009
4
0
0
0
0
0
0
Yuctan (NIGSP_YUCS)
1
2009-2009
0
1
0
0
0
1
2009-2009
0
1
0
0
0
0
0
0
Total 9417+83 3676 13176 3154+4 421 3579 3600+18 502 4120 3877 115 2625+61 2676 5362
September 26, 2012
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